Der Märchen Moot Court gliedert sich in zwei Phasen.
Die ab November beginnende erste Phase, die Prozessvorbereitungsphase, ist als Ermittlungsverfahren ausgestaltet. Dies bedeutet Folgendes. Da sich anders als bei anderen Moot Courts beim Märchen Moot Court aus den zu Beginn zur Verfügung gestellten Aktenstücken kein widerspruchsfreier Sachverhalt ergibt, sind die Teilnehmenden zunächst aufgerufen, diese Widersprüche durch weitere Ermittlungen des Sachverhalts aufzulösen, um am Ende (im besten Fall) einen Sachverhalt zu erhalten. Dies erfolgt durch Einreichung von sog. Ermittlungsanträgen, die im Erfolgsfall dazu führen, dass die Spielleitung zusätzliche Sachverhaltsinformationen, etwa Aussagen von Zeuginnen und Zeugen oder Bekundungen von Sachverständigen, zur Verfügung stellt. Auf Grundlage der in diesem Schritt gewonnenen Erkenntnisse sind dann in einem zweiten Schritt Schriftsätze aus Anklage- oder Verteidigungssicht (Anklage- oder Verteidigungsschrift) zu erstellen. Dies erfolgt nach Vorgaben der juristischen Praxis und unter zusätzlicher Einreichung eines materiell-strafrechtlichen Kurzgutachtens. Für die Ermittlungsphase sind für die Teilnehmenden etwa 30 Arbeitsstunden anzusetzen.
In der zweiten Phase des Märchen Moot Courts, der Prozesssimulationsphase, geht es um die Prozesspraxis. Im Januar sind die Teilnehmenden aufgerufen, ihren Fall vor dem Märchengericht und einer aus dem Publikum bestehenden Jury zu vertreten. Hierbei gilt es insbesondere praxisnah nach strafprozessualen Vorschriften zu simulieren. So soll ein erarbeitetes Eröffnungsstatement von Anklage und Verteidigung vorgetragen werden und eine Beweisaufnahme mit Vernehmung von Zeugen und Sachverständigen durchgeführt werden. Schlussvorträge (Plädoyers) von Anklage und Verteidigung bilden den Abschluss der Prozesssimulation und leiten über in die Beratungsphase der Jury, die dann aufgrund der Vorträge von Anklage und Verteidigung ihr Urteil bildet. In dieser Phase kommt es insbesondere auf Anwendung von Schlüsselkompetenzen für die Teilnehmenden der Veranstaltung an. Denn die Anklage bzw. die Verteidigung muss das Publikum als „Jury“ mit ihren Vorträgen überzeugen, da allein dieses am Ende über Schuld bzw. Nichtschuld des Angeklagten zu entscheiden hat.